一些动物粪便如猪牛栏肥以及人粪尿未经发酵腐熟直接施入土壤，这些未充分发酵腐熟的有机肥在土壤中经微生物分解发酵，产生的氨气容易引发作物烧根、中毒，有的还会滋生杂草和传播病虫害。因此，应提倡将其充分发酵后施用，提倡在田边地头建贮粪池发酵的方法，或者将堆肥堆积加水湿润，用泥封住，使其温度达到35～40℃，经过25～30天即可发酵完毕，高温法将粪肥在60℃条件下充分发酵，可杀灭其内的虫卵和杂草种子，使用时更安全。
（图：利用翻堆机堆肥发酵有机肥）
在一些地方习惯将有机肥料如猪牛栏粪肥，在太阳下晒干，或者施在旱土作物表土上，这样做的结果是让粪肥长期日晒雨淋，氮素基本上挥发损失掉了，速效磷钾也会大半流失，而且污染环境。有的地方在采用秸秆还田作有机肥源时，因发酵腐烂不充分，又过于集中施用稻株行间，结果是在腐烂中产生大量硫化氢，多有气泡冒出，使稻根变黑，禾苗迟发，不及时补救会使全田出现僵苗，引起减产。遇到这种情况，应排水晒田，在排水晒田后及早喷施复硝酚钠等促进根系生长的生长调节剂，并加1%磷酸二氢钾和1%尿素混合喷雾，可较好恢复正常生长。