有机堆肥发酵的缺点
1、占用空间
有机肥的堆肥处理、原料储存和堆肥产品的储存都需要占用土地，有时甚至需要占用建设用地。
2、异味产生
说堆肥没有臭味是错误的。虽然有机堆肥过程的最终产品是无味的，但一些用于堆肥的原料确实会产生臭味。这些活性原料，如粪便、污泥和食物垃圾，在堆放之前会产生异味，并长期存放。如果处理不当，在堆放过程中也可能产生异味。
对气味敏感是必要的。在一些场地，由于位置的关系，臭气可能需要处理，但现在很多配套的罐式堆肥设备都有除臭系统。
3、受天气影响
寒冷的天气会降低堆肥材料的温度，减缓堆肥过程。它还可能导致其他问题，如原材料和设备冻结。雨雪的潜在影响更为严重，暴雨增加了堆肥混合物的含水量，从而延长了堆肥时间。目前，大部分有机肥厂都有吊顶设施，有的还配备了供暖设施，大大减少了天气的负面影响。
4、营养素缓慢释放
堆肥中的营养物质主要以复杂的有机形态存在，植物利用前需要对其进行矿化。例如，在种植季节，堆肥中只有大约15%的氮可以被利用。与新鲜肥料相比，堆肥初始用量应较大，达到与化学氮肥相同的水平。
一般来说，堆肥有机发酵通常可以消除病原体，节约土地，在生活中重新利用有机废物，并将其作为商品出售。然而，也有一些缺点。随着科学技术的进步，这些缺点逐渐被克服，现在更多的是采用罐内发酵有机肥的方法，可以避免天气和场地的影响，并配有生物除臭系统，可以减少和消除异味。